疼痛是肛裂最常见，也是最主要的症状，部分裂口较浅，还处于新鲜裂口时疼痛一般较轻微，一般这时候都能耐受，因此这时可以采用温水坐浴或中药止痛，如神汤坐浴进行缓解，同时使用具有消炎、促进裂口生长膏剂涂抹在裂口，从而促进裂口愈合，例如常用龙珠软膏、京万红软膏、湿润烧伤膏等药膏，对于消除裂口溃疡、促进裂口愈合有很大帮助。
如果疼痛较厉害还可以使用硝酸甘油软膏，对消除肛裂括约肌痉挛，对于裂口愈合有很大帮助。如果疼痛剧烈，特别表现排便时疼痛，排便后疼痛最长有时可以持续一天，患者整整一天难受或无法忍受时，需要考虑陈旧性肛裂，这时裂口较深，同时会出现内括约肌痉挛，会出现三联征陈旧性肛裂表现，这时用药无法起到有效作用，因此这时需要选择手术治疗，手术后可以使用活血化瘀、消肿止痛中药促进伤口愈合。
