新生儿食管气管瘘往往伴有食道闭锁，主要的临床症状为新生儿出生后咽部分泌物比较多，呼吸的时候可以听到喉部呼噜的声音，呼吸不畅，容易在吸气的时候将分泌物误吸入气管，新生儿在吃奶后易发生剧烈的呛咳以及呛奶，甚至发生窒息。
经过咳嗽或者迅速的清除咽部分泌物之后，症状随后消失，有气管瘘的患儿，因大量的空气经瘘管进入胃内，所以腹胀比较明显，由于容易呛咳，所以新生儿食奶量减少，很快发生脱水和消瘦，容易继发吸入性的肺炎，可以表现为发热、气促、呼吸困难等症状，也有时会出现肺不张。如果在新生儿期哺乳的时候出现呼吸困难、青紫或者反复肺炎的表现，要想到新生儿有食管气管瘘，早期确诊治疗效果比较好，如果延误诊治可能会导致新生儿预后不良。
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