胆汁反流性胃炎的病因主要是因为行胃大部切除术，胃、空肠吻合术以后，或者是幽门功能失常，以及慢性的胆道疾病、细菌的感染，特别是幽门螺旋杆菌的感染，胃酸、胆汁等损害胃黏膜造成了炎症，增加了胃泌素的释放，影响了胃、十二指肠的动力，导致胃幽门、十二指肠协调运动失调。
引起十二指肠逆蠕动的增加，幽门关闭功能减弱，胃排空障碍，使得十二指肠内容物过量反流入胃。任何导致胃肠动力的紊乱，比如胃肠神经肽和激素水平的异常，或者是解剖异常的因素，比如幽门括约肌功能障碍，都可以发生病理性的十二指肠胃反流。
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