脑干出血也是属于脑出血的一种特殊类型，脑干出血多采取保守治疗，正常的情况下可以逐渐吸收，经过20-30天的治疗，血肿会逐渐吸收。脑干治疗主要重点是防止脑干出血后引起的神经功能障碍导致并发症，如长期昏迷、吞咽咳嗽困难引起坠积性和吸入性肺炎。
部分患者需行气管切开、呼吸机辅助呼吸等治疗，而对于吞咽困难、长期昏迷的患者可能需要鼻饲流质，维持水、电解质和营养的平衡给予相应的支持治疗，长期卧床的患者还需防止肌肉萎缩、深静脉血栓等。
脑干出血的患者治疗，主要在于防治相关的并发症，血肿可自行吸收。
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