杀幽门螺杆菌需要用两种抗生素，主要在以下抗生素中选择搭配，包括阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、喹诺酮类抗生素、四环素、呋喃唑酮。这些抗生素中首选阿莫西林，因为阿莫西林的耐药性较低，阿莫西林加另一种抗生素搭配使用，以及铋剂与质子泵抑制剂的四联疗法是较经典的根除幽门螺杆菌的治疗方法。
如果患者有青霉素过敏史，阿莫西林不能使用的情况下，建议用四环素来代替阿莫西林。目前四环素加呋喃唑酮以及加上质子泵抑制剂加铋剂，此疗法耐药性较低，根除率较高。如果第一次根除幽门螺杆菌失败，存在原发性耐药。第二次根除时，建议选用不同的抗生素，如果两次治疗都失败了，建议暂时停止治疗，停药半年以后再治疗。因为反复的治疗，细菌形态会从棒状变成球状，对药物作用不敏感，停止一段时间，使细菌的活性增强，对药物有反应的情况下再治疗，才能较好根除幽门螺杆菌。
