后脑勺隐隐作痛的原因，首先要关注头颅器质性病变，所以需要行头颅核磁共振检查、头颅血管核磁共振检查，主要关注的是颅内是否有脑出血，小脑、脑干病变、血管瘤和血管畸形病变，必要的时候要行脑CTA明确病因。
同时如果没有头颅的器质性病变，后脑勺隐隐作痛要关注延髓部分，所以需要行颈椎核磁共振检查，排除延髓梗死产生的这一症状。临床颈椎病、颈源性头痛会有后脑勺隐隐作痛的症状，所以建议行颈椎核磁共振检查，排除延髓、脊髓以及椎体的器质性病变之后，根据体格检查结果进行相应的颈神经治疗，会缓解这一症状。
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