隐球菌颅内感染称为新型隐球菌脑炎，如果感染侵及到脑实质和脑膜称为新型隐球菌脑膜脑炎，是中枢神经系统感染最常见的真菌感染，因为临床表现跟结核性脑膜炎非常相似，容易误诊，治疗起来比较麻烦，病情非常重，病死率非常高。治疗主要是抗真菌治疗和降低颅内压治疗，抗真菌治疗主要是用两性霉素B、氟康唑和5-氟尿嘧啶联合用药，降低颅内压主要使用甘露醇脱水治疗，如果颅压特别高，容易引起脑疝形成，可给予侧脑室分流减压术。因为病情重，机体消耗量大，容易发生营养不良，可并发肺部感染、泌尿系感染等。总之，该病的死亡率非常高，预后不好，如果没有经过正规的治疗，病人很快就会死亡，平均的疗程大约在6个月左右，即使治愈之后也有很多的并发症和神经系统的后遗症，并且在数年以后病情会反复再发、加重。
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