药物方面可选择抗病毒药与免疫增强药，常用的有干扰素或者聚肌胞。
干扰素一般100万到300万单位肌注，隔日一次，连续20~30次以上。
干扰素还有外用的软膏或者凝胶，可以直接涂抹扁平疣。
外用药物常用的有维甲酸软膏，氟尿嘧啶软膏，咪奎莫特软膏等等。
对于数目少的皮疹，可以选择液氮冷冻或者电离子的方法去除，是配合药物治疗。
液氮冷冻和电离子容易造成色素沉着或者疤痕，有疤痕体质者慎用。
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