功能性消化不良本身是功能性的疾病，而非器质性的疾病，但是功能性消化不良能否好转要根据患者的特殊个人的情况定。如果原因解除，患者的功能性消化不良就会恢复。如果原因持续存在，患者可能总是会感觉到功能性消化不良。故当出现消化不良的症状的时候，首先要去医院检查，排除器质性的病变时，考虑功能性消化不良。同时要找到功能性消化不良引起的原因，比胃动力不好，可以加用胃动力的药物，如；果患者是情绪焦虑的问题引起的，可以加用抗焦虑和抗抑郁的药物，达到功能性消化不良的缓解。
但要如果今年出现功能性消化不良，检查以后没有发现器质性病变，而且用药效果也好，但过了一段时间患者又出现症状，这时不要单纯的认为还是功能性消化不良，要及时的再做检查，排除器质性病变，才能考虑功能性消化不良。
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