灰指甲吃药的副作用不一定很大，灰指甲吃药一般主要是口服伊曲康唑或者特比萘芬，有的可以选择灰黄霉素或者酮康唑进行治疗。在灰指甲选择口服药物治疗之前，大多数医生会评估患者的用药安全，比如建议患者先检查肝肾功能。如果肝肾功能比较正常，可以口服抗真菌药物，比如伊曲康唑、特比萘芬等。
有的治疗灰指甲的药物副作用较大，比如灰黄霉素，但是灰黄霉素的口服在医生的规范指导之下，即使有副作用，也会在相当大的程度上得到控制，所以只要是在医生指导下使用，都没有特别的安全顾虑。
