肝内钙化灶本身并不会造成临床症状，而引起症状的只是造成肝内钙化灶的病因。绝大多数的肝内钙化灶是由于先天异常、钙磷代谢紊乱或者营养不良所造成的，并没有非常明显的临床症状，很多只是在肝脏影像学检查时才被发现的。而炎症、寄生虫感染或者肿瘤所引起的或者合并的肝内钙化灶，此时会出现相应的临床症状。最典型的症状是表现为肝区疼痛，可以为隐痛、钝痛或胀痛，少部分的患者还有可能出现剧烈疼痛，还有可能伴有右肩部的放射痛，同时也有可能出现发热、食欲减退、厌食油腻、恶心、呕吐、腹胀、黄疸等非特异性的消化道和全身症状，部分患者还有可能出现特征性的慢性肝病面容、肝掌以及蜘蛛痣等。
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