肺部切除的危害主要取决于本身肺部的疾病的原因以及切除的范围，一般针对于明确诊断的肺部恶性肿瘤，通过切除完整的癌肿，能够保住患者的生命，改善患者的生存质量。这个时候肺部的切除没有危害，反而有益。如果仅仅是怀疑肺部的结节是恶性的，没有完全确诊，而将肺部的大部分组织切除掉，可能导致肺部的功能下降，甚至引起代偿性的肺不张、肺气肿等，导致呼吸困难、呼吸功能不全。久而久之导致出现呼吸衰竭，对患者的寿命有一定的影响。
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