肛周脓肿手术时间要根据病人具体情况而定。肛周脓肿分低位脓肿和高位脓肿，低位脓肿操作很简单，所以需要时间很短，十几分钟可处理完成。
高位脓肿就比较复杂，在处理脓肿过程中把所有间隔都打开，进行腐肉清除，所以手术耗时比较多，部分比较复杂手术需要一个小时左右。所以手术时间长短取决于手术难易度，如果浅表肛瘘时间很短，而比较高位复杂脓肿，处理耗时比较多。
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