新型冠状病毒核酸检测时不受咽炎的影响，新型冠状病毒核酸检测时可以用多种标本进行检测，如鼻咽拭子、痰或者其他的下呼吸道分泌物，以及血液、粪便、尿液等标本，都可以检测新型冠状病毒，所以不会受到咽炎的影响。
新型冠状病毒是采集PCR扩张的技术进行检测，检测下呼吸道标本时更加准确，目前的核酸检测多采用咽拭子进行检测，主要是因为咽拭子的标本采集比较方便，但实际上痰和气道抽取物的阳性率会更高。核酸检测会受到病程、标本采集、检测过程、检测试剂等因素的影响，为了提高检测的阳性率，应规范采集标本，标本采集之后应该尽快送检。
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