几乎没有什么副作用，非常安全，这是光子嫩肤治疗的一个非常大的优点。但是和任何治疗都一样，治疗本身是具有两面性的，光子一方面是治疗色素性皮肤疾病非常好的治疗方法，但也有引起皮肤色素性改变的潜在风险。另外人体个体是有非常大的差异的，少部分人可能会出现色素沉着斑，极少数人可能会出现痤疮样发疹和水疱。所以治疗应在正规的医院里进行，不允许滥用。那种把光子嫩肤说成绝对安全，无限夸大疗效，甚至在美容院里就进行治疗的做法是不负责任的，应予以纠正。
治疗后不需要特别的皮肤护理，但是建议在医生的指导下使用护肤产品，包括停止使用所有的功能性化妆品(包括各种去斑霜、去皱霜等)，禁止使用各种化学剥脱性治疗(也就是所谓的换肤治疗)，禁止皮肤磨削和使用磨砂洗面奶等。由于色素斑以及各种光老化的原因是日光的照射，所以防晒和防晒霜的使用是重要的。当然皮肤保湿霜的应用也是必需的。
