治疗幽门螺杆菌感染的方法较多，目前推荐四联方案，即选用一种PPI药物、两种抗生素加一种铋剂，如艾司奥美拉唑，加阿莫西林、克拉霉素，再加上胶体果胶铋。如对青霉素过敏，也可以把阿莫西林换成左氧氟沙星或甲硝唑等。不同抗生素对于细菌耐药率不一样，在不同地区人群对于抗生素耐药率不一样。目前对于甲硝唑、替硝唑耐药率非常高，阿莫西林耐药率相对较低。
除四联方案外，也可用两种药物序贯疗法或三联药物疗法，三联药物疗法加上保护胃黏膜制剂也有比较好效果。治疗幽门螺杆菌还要有个体化方案，对于反复治疗仍然难以治愈的幽门螺杆菌感染患者，要抽取胃液做幽门螺杆菌培养，根据药敏结果选择合适的抗生素进行治疗。
