头部的核磁共振可以检查出头部的绝大多数问题，比如患者的头皮软组织是否有问题，头部的血管性疾病，比如脑梗死、脑出血或者脑内的血肿，可以判断脑室是否有扩张。脑实质是否有占位性病变或者炎症性病变，是否有寄生虫或者真菌的感染，以及脑血管是否有发育的问题，都可以通过头部的核磁共振检查出来。
对于一些怀疑颅内血管畸形的患者，也可以做核磁共振的脑血管造影来检查，而且核磁共振可以对脑部进行多平面的成像，所以获得的信息会更多一些。
