长期消化不良首先要考虑器质性胃肠病可能性，如胃溃疡、十二指肠溃疡，黏膜形成溃疡还有周边黏膜炎症充血明显，会导致胃黏膜吸收消化功能下降；还有糜烂性胃炎、萎缩性胃炎、胆汁反流性胃炎、十二指肠炎等；慢性结肠炎症、小肠局部炎症也会影响食物的消化与吸收，进而引起消化不良。其次慢性胆囊炎症、慢性胰腺炎，导致促进食物消化的胆汁、消化酶减少也会引起消化不良。然后患者长期缺乏适量运动，活动量少也会导致消化道黏膜腺体功能退化，引起长期消化不良。最后还有一些慢性病，比如糖尿病自主神经病变也会累及消化道神经，造成长期消化不良。
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