病毒性肠炎无特效的治疗方法，主要是以对症治疗为主。可以用柳氮磺吡啶，本药在肠道内分解，5-氨基水杨酸与磺胺吡啶。前者主要成分能抑制磺胺氧化酶和白细胞计数氧自由基形成能消除炎症。另一种，甲硝唑。主要用于各种厌氧菌的感染，阿米巴病毒以及丝虫病。激素类主要是药物有氢化可的松、强的松、地塞米松、硫唑嘌呤。此类药物在体内产生硫嘌呤而发挥免疫抑制作用，抑制蛋白质的合成和淋巴细胞的增殖，对T细胞的抑制作用较强。预防复发，保持心情舒畅，避免紧张刺激，解除各种压力。进食柔软容易消化，具有丰富和足够热量的食物，注意劳逸结合，防止暴饮暴食，避免油腻和粗纤维，忌生冷食物。
