电子喉镜由于镜体细、分辨率高，因此被广泛用于咽喉部的检查，检查前需空腹，咽喉部喷1%地卡因进行表面麻醉。电子喉镜可以清晰的窥见咽部黏膜的情况，如充血、肿胀，扁桃体大小以及咽部有无新生物，还可描述其大小、形状等特点。电子喉镜最多用于喉部的检查，可清晰地观察到喉部的黏膜情况，会厌、声带、梨状窝等部位可发现有无新生物以及新生物的情况，对于发现可疑的新生物可以一并行活组织检查。同时电子喉镜还配有窄带成像技术，可有效发现潜在的恶性肿瘤，并在其引导下行活检术，大大提高诊断率。
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