胃肠道菌群失调的一般症状有腹痛、腹胀、反酸、反流、嗳气、烧心、呕吐、腹泻等等，多是由于胃肠道细菌或者病毒感染。再比如精神因素，也是导致菌群失调的重要原因，还有可能是自身免疫力低下，胃肠功能不好，胃肠道功能紊乱所引起。这种疾病病程较长，容易反复，长期的菌群失调，腹泻会导致身体的营养流失较快。所以，要精细饮食，多吃富含营养的食物。另外，药物可以服用乳酸菌素片、整肠生、肠炎宁、复方黄连素片进行调理。
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