经过多年临床实践，肠外营养理论、技术和营养制剂的开发都有了较大发展，但肠外营养同样可能导致一系列并发症，严重情况下甚至会危及患者生命。肠外营养的并发症主要分为与输注途径有关的导管相关并发症和与输液成分有关的代谢性并发症。导管相关性并发症常发生在中心静脉置管过程中，也有少数是长期应用导管护理不当或拔管操作不当所致。肠外营养中各组分供给不足或过量均会引起代谢性问题。
相关肝脏疾病是肠外营养的长期并发症，包括肝脏脂肪变性和肝脏胆汁淤积等。长期肠外营养时，肠道处于休息状态，肠道激素分泌多受抑制，胆囊运动减少，胆汁成分改变，导致胆囊淤积和胆囊扩张，进一步可发展为胆石症和胆囊炎。长期肠外营养可能破坏肠黏膜的正常结构，导致肠黏膜上皮萎缩、变稀，皱褶变平，肠壁变薄，肠通透性改变，肠屏障功能改变，肠道菌群移位等肠源性感染。
