MDS 的确切病因迄今为止尚不清楚。一些证据表明，某些人一出生就有形成 MDS 的倾向。这种情况可以视为由外部因素触发的一个开关。如果不能识别这种外部因素，这种疾病则被称为“原发性 MDS”。
癌症的放疗和化疗是形成 MDS 的已知触发因素。当患者采取化疗药物或接受放疗来治疗可能治愈的癌症时（比如乳腺癌或睾丸癌、霍奇金氏病和非霍奇金淋巴瘤），他们在治疗过后长达 10 年的时间内均有出现 MDS的风险。使用癌症化疗或放疗过后形成的 MDS 被称为“继发性 MDS”，通常与骨髓细胞的多个染色体异常有关。这种类型的 MDS 往往很快就进展为AML。
长期接触特定的环境或工业化学物质，比如苯，也可以触发 MDS。尽管现在苯的使用受到高度管制，目前尚不明确还有哪些其他化学物质可能容易使人患上 MDS，某些职业已经被贴上MDS 或 AML 的“易患”标签，比如油漆匠、煤矿工、防腐师。目前尚未发现可以导致 MDS 的已知食品或农产品。虽然每天饮酒可能会降低红细胞和血小板计数，但是酒精不能导致 MDS。目前尚未有足够的数据证明吸烟可增加患上 MDS 的风险。但是，众所周知的一点是，吸烟者患AML的风险是非吸烟者的1.6倍。
患者及其家属往往担心 MDS 是否会传染。目前尚未有证据表明病毒可以引起 MDS；因此，MDS 不会传染给亲人。
MDS 是非遗传性的。事实上，家庭成员（包括兄弟姐妹）同时被诊断为 MDS 的情况是非常罕见的。
