眼肌麻痹的治疗，需要根据引起眼肌麻痹的原发疾病来采取合适的治疗，许多疾病可以引起眼肌麻痹，比如肿瘤压迫动眼神经以后会导致。对于脑瘤的治疗，通常要采取手术的办法对肿瘤进行切除治疗，比如感染性因素所导致的眼肌麻痹，应该进行抗感染治疗。如果是缺血性脑血管病导致的眼肌麻痹，如果脑梗死达到了溶栓指征，就进行溶栓治疗，没有达到溶栓指征，通常是一个抗血小板聚集，包括神经营养的治疗。治疗方法根据原发病的不同采取合适的治疗方法，应该由神经内科、眼科进行核实诊断之后，采取相应的具体治疗。
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