临床上支原体肺炎感染容易导致肺部的炎症，其症状最突出的表现就是持续性阵发性的刺激性咳嗽，一般肺炎支原体感染进入人体之后通常要经过2-3周的潜伏期而后缓慢起病。一般初期会有头痛、咽痛、乏力、肌肉酸痛，甚至恶心、呕吐的症状，再次出现典型的咳嗽症状，夜间最为严重，一般可出现呼吸困难、胸痛。临床上可出现的并发症比如中耳炎可导致耳鸣甚至耳部疼痛，另外严重时可累及到心脏可引起心肌炎、心包炎导致心悸。
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