癫痫手术的并发症，主要有颅内的炎症、手术区远隔部位的出血等，总体发病率低于3%。一些特殊类型的癫痫，比如癫痫病灶位于重要功能区的患者，在进行切除性手术后可能会出现肢体功能的障碍，如偏瘫、肌力下降、语言障碍等一系列大脑功能受到损害的表现。但通过严格仔细的术前评估，可以明显有效的降低手术后遗症的发生几率。
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