新生儿黄疸病需与以下疾病鉴别，新生儿溶血病，母亲为O型，父亲为A或B型血，患儿可于生后24小时内出现黄疸并逐渐加重。
还注意与新生儿红细胞增多症鉴别，宫内乏氧导致红细胞增多，可引起新生儿黄疸出现并且逐渐加重。
还注意与新生儿败血症鉴别，细菌感染导致，患者可出现进乳差、嗜睡、体重不增、黄疸持续不退等，感染指标显示细菌感染。
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