饮水呛咳有的时候是功能性的，比如说躺着喝水或者是喝的太急，或者是喝水的时候突然出现了说话、发笑等，都会出现饮水呛咳。但是大部分时候饮水呛咳都是病理性的疾病造成的，这种情况分为两类，一类是咽喉部本身的问题，另外一类是别的地方的病变引起的咽喉部功能障碍。
在咽喉壁本身的问题方面，一些病毒感染可以导致咽喉壁的麻痹，咽喉壁麻痹以后就失去了正常的功能，喝水或者饮食的时候就很容易进入气道而引起呛咳，临床上称为真性球麻痹。还有一类是脑部的病变，比如脑梗塞或者脑出血以后引起的假性球麻痹，它的特点也是饮水的时候呛咳，而进食固体的食物的时候会好一些，这主要是因为脑梗或者脑出血以后会引起咽喉部肌肉的灵活性不好，所以也会出现饮水呛咳。
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