头两边疼痛的原因如下：
1、颅内器质性病变：建议行头颅核磁共振检查、头颅血管核磁共振检查，明确是否有颅内占位性病变，如脑出血、脑梗塞、脑肿瘤、动脉瘤破裂等，建议神经外科会诊、检查；
2、感染：尤其是病毒性感染导致感冒、上呼吸道感染、肺炎，建议及时到呼吸科进行检查，必要时行肺部CT检查；
3、过量食用咖啡：可诱发头两侧疼痛，因为咖啡可使血管扩张、刺激神经；
4、颈部病变：颈椎病、颈肩部软组织损害、颈椎小关节病变以及颈椎间盘突出症会刺激、压迫颈神经，建议行颈椎核磁共振检查，明确病因进行治疗。
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