根据引起窦性心律不齐的原因，采取相应的措施，尽量消除窦性心律不齐。儿童时期的窦性心律不齐大多是正常现象，随着年龄的增长会慢慢消失，不必处理。很多青少年也会出现窦性心律不齐，与呼吸节律有关，目前也未发现严重的危害，建议规律作息，调节情况，可能会有所好转。有些人爱喝咖啡等也会导致窦性心律不齐，建议停掉这一习惯会有所好转。如果是服用药物如洋地黄、吗啡、β受体阻滞剂导致的心律不齐，需要去医院请专业的医生调整用药。不过大多数的窦性心律不齐问题不大，不要太紧张既可。
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