十二指肠梗阻治疗方法和其它肠道梗阻治疗方法类似。首先是解除病因，疏通肠道。其次可以进行支架治疗，但十二指肠由于部位特殊，因此支架置入较困难。因为十二指肠有大乳头，即胆汁和胰液流出道，支架置入术不能把流出道堵塞，因此放置支架较困难。
十二指肠如果不能置入支架或病因不能进行解除，可以进行短路手术，将胃和下游空肠进行吻合，食物、消化液可以从胃直接进入空肠，但只是姑息性治疗手段。十二指肠梗阻尽量以疏通为主，例如肿瘤可以进行肿瘤切除，其它部位可以根据具体情况进行具体分析。
