如果淋球菌检测出现阴性，首先区分是真阴性或假阴性。如果是假阴性，治疗方案与淋球菌感染阳性的治疗方式相同。如果是真阴性，很多是因为经过有效的治疗，患者的症状得到改善，复查淋球菌会显示阴性，这种阴性结果无需进行治疗。
淋球菌假阴性主要与实验室检测方案有关，临床中比较常见的淋球菌的涂片检测用于检测无并发症的男性尿道脓性分泌物，敏感性高。对于女性患者来说，宫颈炎阳性率仅50%，另外50%女性患者有宫颈炎，但检测会出现假阴性的结果。
目前，淋球菌的检查除涂片外，还可以采用更加敏感的核酸检测的方法，敏感性高，且对于无症状者的检出率也更高，可以避免涂片检查导致出现假阴性结果。
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