多数病人预后满意经过较短时间的恢复可以正常进奶，腹胀消失能够自主排便，体重增长，生长发育可达正常同龄儿水平。
少数病人可能出现术后齿线上吻合口狭窄，直肠粘膜脱垂，间断及反复的肠炎，排便障碍等严重的并发症有术后腹腔盆腔出血，肌鞘内感染，拖出肠管盆腔内扭转等。
部分病人术后肠功能恢复较慢术后容易便频便稀完全恢复至少需要1个月，较少病人术后症状改善不明显甚至反复出现肠炎合并腹胀等，需对症相应措施处理，必要时住院治疗。
术后扩肛通常持续月左右扩肛过程中避免人为损伤穿孔扩肛操作者应仔细谨慎。
先天性巨结肠发病率高病人通常年龄较小，手术相对复杂术后可能遗留问题较多。建议病人选择有一定技术水准的专科医院就诊手术以免后期处理困难家长。
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