自身免疫性肝炎和其他的慢性肝炎相似，大部分病人在早期没有特别的症状，很多病人都是在体检当中发现转氨酶升高，进一步检查发现患有自身免疫性肝炎。自身免疫性肝炎大多数女性多见，即便以症状检查怀疑自身免疫性肝炎，多见的症状都是消化道症状，比如纳差、腹胀、肝区隐痛，这些症状来就诊。自身免疫性肝炎和其他的慢性肝炎不同之处，在于有些病人有肝外的表现，比如皮肤瘙痒，还有的病人有关节的疼痛等等症状。
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