DTC手术的并发症包括：出血、切口感染、呼吸道梗阻、甲状旁腺损伤（一过性或永久性低钙血症）、喉返神经损伤、喉上神经损伤和麻醉相关的并发症等。
国外数据显示全甲状腺切除术后，喉返神经损伤率为4.3％，双侧喉返神经损伤率为0.6％（其中半数患者行气管切开），有症状的低钙血症发生率为14.0％（永久性低钙血症为2.2％），术后出血发生率为8.0％，切口感染率为0.4％。手术并发症的发生率与术者经验有关。
为尽量避免发生手术并发症，建议：术前做好充分的手术风险评估（如呼吸功能如何、是否存在呼吸道感染、声带是否正常、气管是否受压、是否伴发其它基础疾病等）。术中做到切口良好暴露、注意甲状旁腺和喉返神经保护，对气管受压软化者应将软化气管被膜悬吊于胸锁乳突肌或颈前肌群上，严重者应及时行气管切开；如不小心将甲状旁腺切除，确认后将切除甲状旁腺组织切成薄片或颗粒，种植于术区范围内的胸锁乳突肌或带状肌内。
