先天性心脏病房间隔缺损一般预后较好，平均可以活到40多岁。偶见出生后及婴儿期症状明显，因为早期心力衰竭及肺炎而死亡的病例。绝大部分患儿在婴儿期没有症状，到学龄期才出现活动耐力的降低，劳累后呼吸急促等现象。小型缺损有自发关闭的可能，多发生于生后第一年内。常见的并发症为肺炎，到青中年期可以合并心律失常、肺动脉高压及心力衰竭等。内科治疗包括抗心力衰竭和心律失常等，需要注意预防和治疗呼吸道感染。大型缺损在学龄前期建议手术治疗，通常预后比较好。
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