新型冠状病毒肺炎是一种呼吸道传播疾病，典型表现是发烧、咳嗽，与其他肺炎不同的是其胸部CT会有特异性表现。有经验的医生通过CT能够大致判断患病的可能性，但确定诊断的手段是病毒核酸检测。在有条件的科研机构还可以做病毒分离，大部分医疗机构是通过PCR的核酸检测诊断，如果PCR阳性，可以确诊感染新型冠状病毒肺炎。此检测大部分是通过咽拭子检测，如果是阴性，但是症状很支持新型冠状病毒肺炎，建议取深部呼吸道分泌物，比如痰液和肺泡灌洗液，阳性率会更高，也是最准确、最可靠的检测手段。但是由于受取样限制，比如在感染早期和感染后期，咽部病毒载量已经下降，有可能会出现假阴性。
除此之外，发现部分感染者的尿液、粪便中也出现核酸阳性，可能会进一步探讨以上部位标本其阳性意义，是否可以用来诊断或排除。近期陆续各个医疗机构开展血清抗体检测，也可以作为诊断方案。
