肠结核和克罗恩氏病，属于完全不同的疾病，肠结核是因为结核杆菌引起，克罗恩氏病属于特殊疾病，主要致病因素包括全身免疫力低下及特殊感染，甚至与遗传因素相关。二者早期表现较为类似，基本均与消化道慢性感染有关。通过肠镜检查时相对可以鉴别，肠克罗恩氏病变可以累及整个消化系统，属于多阶段性改变，病程较长且异常反复。对于单纯肠结核，主要分布在大肠和回盲部；肠结核患者较多存在结核疾病，但是克罗恩氏病，基本较少合并结核病；肠结核患者菌素试验PPD值呈强阳性，而克罗恩氏病基本呈阴性或弱阳性。
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