胃肠道间质瘤预期生存时间存在个体差异，与其恶性程度、生长部位、治疗方法、治疗效果有关。
具体情况如下：
1、出现远处转移、复发倾向：如淋巴结转移、肺转移、肝转移者，即使肿瘤直径较小，治疗效果仍然较差；
2、发生部位：肿瘤发生在胃、食道者，治疗效果较好，10年生存率能够达到70%以上；肿瘤发生在小肠部位，治疗效果较差，10年生存率仅为17%左右。
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