甲硝唑最常见的副作用是消化道方面的反应，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，这些一般不影响治疗。除此之外，还有神经系统方面的不良反应，有头疼、眩晕，偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等等，大剂量可以出现抽搐。少数病例还会发生荨麻疹、潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难，特别是口中金属异味，这些不良反应都属于可逆的，停药以后可以自行恢复。甲硝唑用于治疗肠道或肠外阿米巴病的感染，还可以用于治疗阴道滴虫病的感染。目前使用比较广泛的，还可以用于厌氧菌的感染，比如说口腔厌氧菌的感染，往往会选择甲硝唑来治疗。
