胃间质瘤来源于胃的间叶组织，是交界性肿瘤。如果体积较小，核分裂象少，则倾向于良性。如果肿瘤长得比较大，核分裂象多，则倾向于恶性。因此，如果间质瘤比较小，在1cm以内，可以采取保守观察，如果超过1cm甚至2cm以上，有绝对的手术指征，如果合并出血，更应积极处理。治疗手段首选手术根治切除，将间质瘤完整切除。
对于恶性间质瘤，如果存在高风险、高危因素，切除以后，还要口服1-3年的预防性药物格列卫，即甲磺酸伊马替。服用该药物的主要目的是降低胃恶性间质瘤复发几率，延长患者生存时间，保证患者生活质量。
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