神经递质主要存在于大脑中枢神经的一些垂体、下丘脑、中缝核等部位，所以在不同的部位合成的场所会不一样，主要在神经元内合成，在神经元细胞内的溶胶中合成，比如乙酰胆碱。
脑内的神经递质可以分为四大类，有生物原胺类、氨基酸类、肽类和其他类，有多巴胺、去甲肾上腺素、生长激素、组胺、乙酰胆碱、5-羟色胺等。神经递质一般在突出的前膜合成神经元内，合成以后受到兴奋的刺激然后释放，释放以后会通过神经递质相关的清除物质，清除神经递质作用消除，等待下一次的刺激作用。
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