咳嗽时肛门疼痛，可能的原因是由于直肠肛门处有相应的病变，咳嗽时腹压明显增加，导致局部症状更为明显，出现肛门疼痛。
具体如下：
1、直肠炎症：可能是细菌感染、病毒感染。
2、自身免疫性肠炎：比如溃疡性结肠炎、克罗恩病等。通过咳嗽导致腹压增加、局部张力增加，使炎症引起的疼痛更为明显。
3、肛裂：咳嗽时肛门疼痛，可能是由于肛裂引起，也有可能是由于痔疮引起。痔疮引起常见于血栓性外痔，或者自身合并感染时更为常见。
如果发现咳嗽时肛门疼痛，建议到正规的专科医院进行系统检查、明确诊断。
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