阿苯达唑颗粒上市后的不良反应报告显示，少数患者服药后可见恶心、呕吐、腹泻、口干、乏力、发热、皮疹或头痛，停药后可自行消失。饭后服用可以减轻胃肠道不良反应的发生率，对此药过敏者禁用。
治疗蛔虫病时，偶见患者口吐蛔虫，对此不必紧张。治疗囊虫病，特别是脑囊虫病时，主要与囊虫死亡释放出异性蛋白有关，多于服药后2-7天可能会发生头痛、发热、皮疹、肌肉酸痛、视力障碍、癫痫发作等情况，需要采取相应的措施。在治疗囊虫病和包虫病时，因为用药剂量较大，疗程较长，可能会出现转氨酶异常等情况，一般在停药后会逐步恢复正常。服药过程中如果出现严重的不良反应，需要立刻就医。
