肛门指检是肛肠科最常用的检查的方式，临床医生会用食指进行肛门周围和直肠下段的触摸。在检查中，医生要先戴上手套，然后涂上润滑液，用食指在肛门外进行大范围触摸，主要检查皮肤有无硬结、增生、肿块、条索等，该检查能除外很多的疾病。
检查肛门外面后，要进行肛内的指诊。肛内指诊医生将食指缓慢探入肛门内，首先触摸肛管情况，看肛门括约肌收缩的情况，判断有没有异常收缩、肛门狭窄、肛门松弛无力等，同时要检查直肠壁有没有隆起、肿块，还要看指套上有没有沾染血迹，以及血液颜色。这对于检查直肠下段的疾非常重要，能大致除外直肠癌等疾病。
