1.应用瘘管清创和注射纤维蛋白胶治疗。如同治疗单纯性肛瘘，注射纤维蛋白胶治疗复杂性肛瘘，简便易行，可以重复治疗。有少许研究报告应用这种方法的治愈率为14-60%，尽管理论上认为肛门失禁发生率低，但没有报告。南通市中医院肛肠科许建勇
2.应用直肠推移瓣内口闭合治疗。应用直肠推移瓣治疗复杂性肛瘘是一种有效的方法。该方法清除了感染灶，闭合了内口，不切断括约肌，伤口小，可重复治疗。治疗前侧瘘管还可结合括约肌折叠重建。成功率为55-98%。尽管做直肠推移瓣时没有切断括约肌，但轻度肛门失禁的发生率达31%，重度肛门失禁达12%。导致效果差的因素包括脓肿未引流、癌症或放疗、直肠阴道瘘直径＞2.5cm、病程在6周以内的瘘管和活动性Crohn’s直肠炎症。
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