消化内科的检查有很多，最常见的就是胃肠镜的检查，还有幽门螺杆菌的相关检查。如果病情需要，还需要进行腹部的CT，或者核磁检查，以及必要时可能还需要头颅CT，或者核磁或者全身的PET-CT检查，其他的血液方面的检查就是血常规、肝肾功能、电解质、血沉、C反应蛋白等等，还有的检查有心电图、胸部CT或者胸片检查，以及消化道造影的检查。内镜方面的检查除了胃肠镜，还有胶囊内镜，还有小肠镜的检查，这些代价都比较高，其他的检查就需要根据病人的情况来进行选择。
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