结膜炎大部分属于局部的炎症，主要是以局部滴眼液为主，如果合并有感染症状，例如感冒发烧、咽喉肿痛或者有耳前淋巴结肿大，可以考虑口服药物。
但主要是针对全身感染症状，可服用喹诺酮类或是头孢类药物，如头孢克肟。
中药可以清热泻火解毒，结膜炎中医上讲属于上焦有热，尤其是眼皮的睑腺炎属于脾胃积热，可以用牛黄解毒片、牛黄上清丸或蒲地蓝等中药进行治疗。
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