正常人体小肠、结肠有大量细菌，叫益生菌。若有益细菌减少，有害细菌增多，叫菌群失调。菌群失调后，比较常见的症状会出现腹痛、腹泻、消化不良、便秘、大便干稀不调。菌群失调以后，治疗有益生元、益生菌都可选择。
目前有研究直接在健康人体粪便提取有益菌，再回输给患者，回输可选择从灌肠方式。若口服，细菌可能在胃里被胃酸杀死，因此通常采取灌肠，患者更容易接受。益生菌有很多是肠溶性，到肠道后才崩解，能够调整改变整个菌群环境，是菌群失调的主要治疗方式。
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