目前来说，临床上感染的伤寒或副伤寒杆菌都有不同类型的耐药菌株出现，所以通常都需要进行药物敏感性试验，根据试验结果选择最敏感的抗菌药物进行治疗。
不过，在没有药敏感性试验结果之前，伤寒经验性治疗的首选药物是第三代喹诺酮类药物，如左旋氧氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星、培氟沙星、洛美沙星和司氟沙星灯；儿童和孕妇患者应首先选用第三代头孢菌素，如头孢噻肟、头孢哌酮、头孢他啶、头孢曲松等。
在取得药物敏感性试验结果后，再决定是否进行治疗方案的调整。
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